Construites pour accueillir les navires Neopanamax — des porte-conteneurs mesurant 366 mètres de long, 49 mètres de large et ayant un tirant d'eau de 15,2 mètres — les écluses représentent la plus grande coulée de béton dans l'hémisphère occidental depuis le barrage Hoover. Chacune des trois chambres mesure 427 mètres de long, 55 mètres de large, et élève les navires à 26 mètres au-dessus du niveau de la mer grâce à une cascade de portes d'eau actionnées par 16 vannes sphériques roulantes, chacune de quatre mètres de diamètre.
Contrairement aux écluses centenaires de Gatún situées à huit kilomètres à l'ouest, Agua Clara recycle 60 pour cent de son eau grâce à des bassins latéraux qui capturent le flux sortant et le réinjectent dans le cycle de transit suivant. Le système déplace 101 millions de gallons par éclusage tout en consommant la moitié de l'eau douce de la conception originale, une contrainte imposée par le réservoir fini du lac Gatún et la saison sèche de six mois au Panama. Les trois niveaux des écluses hissent les navires de la marée des Caraïbes jusqu'à l'altitude du lac en environ 45 minutes, une séquence visible depuis la terrasse d'observation de cinq étages qui a ouvert au public en 2016.
Le centre des visiteurs d'Agua Clara ancre l'entrée atlantique du canal, offrant des lignes de vue sur les trois chambres et le chenal d'approche où les pilotes montent à bord des navires entrants. La plate-forme en porte-à-faux de la terrasse place les observateurs au niveau des yeux avec les ailerons de passerelle des porte-conteneurs en transit, des transporteurs de pétrole brut et des méthaniers — les classes de navires qui ont justifié l'expansion et représentent désormais 40 pour cent du trafic du canal. Les jours de fort volume, les écluses traitent huit à dix transits Neopanamax aux côtés de navires Panamax plus petits utilisant la route parallèle de Gatún, une cadence qui culmine entre l'aube et le début de l'après-midi.
La terrasse d'observation abrite des panneaux interprétatifs détaillant le coût de l'expansion — 5,25 milliards de dollars — et les compromis techniques requis pour construire de nouvelles écluses à moins de 500 mètres de l'infrastructure opérationnelle de 1914. La construction d'Agua Clara a nécessité l'excavation de 53 millions de mètres cubes de basalte et de sédiments, le dragage du chenal de navigation du lac Gatún à 18,3 mètres, et l'élévation du niveau opérationnel maximum du lac de 45 centimètres. L'expansion a transformé le canal d'un raccourci régional en une route capable de gérer des navires de 14 000 EVP naviguant des pôles manufacturiers asiatiques vers les ports de la côte Est, capturant ainsi le commerce précédemment déchargé à Los Angeles et transporté par voie terrestre.
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